Trong giai đoạn này, tổ chức và hoạt động của cơ quan thanh tra tiếp tục được đổi mới trên nhiều mặt, pháp luật về thanh tra tiếp tục được hoàn thiện, nhất là việc ra đời của Luật Thanh tra ngày 15//6/2004 và Luật Thanh tra ngày 15/11/2010, đã khẳng định tầm quan trọng của công tác thanh tra trong thực hiện nhiệm vụ phát triển kinh tế - xã hội của đất nước. Ngoài Luật Thanh tra, nhiều pháp luật khác có liên quan cũng được ban hành, đã đặt ra nhiệm vụ mới cho ngành Thanh tra, như: Luật Phòng chống tham nhũng, Luật Thực hành tiết kiệm chống lãng phí, Luật Khiếu nại, Luật Tố cáo.

Để phục vụ yêu cầu xây dựng và phát triển thành phố Cần Thơ trong thời kỳ công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước theo Nghị quyết 45-NQ/TW ngày 17/2/2005 của Bộ Chính trị, Thanh tra các cấp trong thành phố đã triển khai thực hiện toàn diện, đồng bộ công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng chống tham nhũng và đạt được nhiều kết quả quan trọng.

Công tác thanh tra, kiểm tra được tăng cường, có trọng tâm, trọng điểm trên các lĩnh vực kinh tế - xã hội, như thanh tra diện rộng về việc chấp hành chính sách, pháp luật của ngành thuế, cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước, Quỹ bảo hiểm xã hội, quy hoạch và quản lý sử dụng đất đai, Đề án kiên cố hóa trường học và nhà công vụ cho giáo viên, đầu tư xây dựng cơ bản, quản lý tài chính ngân sách, thực hiện chính sách xã hội,…Toàn thành phố đã thực hiện 1.945 cuộc thanh tra, kiểm tra, phát hiện sai phạm về kinh tế trên 46 tỷ đồng, kiến nghị thu hồi và đã thu hồi nộp ngân sách Nhà nước trên 36 tỷ đồng và kiến nghị xử lý nhiều tổ chức, cá nhân sai phạm. Kết quả hoạt động thanh tra đã góp phần quan trọng vào việc nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước ở địa phương.

Tình hình khiếu nại, tố cáo công dân trong giai đoạn này từng lúc diễn biến phức tạp. Các khiếu nại, tố cáo của các hộ dân có đất gốc ở các nông trường, trạm trại đã được giải quyết xong cơ bản trong những năm 1990, nhưng vẫn còn nhiều hộ khiếu kiện gay gắt, đồng thời, cũng phát sinh nhiều khiếu kiện mới về thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ và tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất. Thực hiện Thông báo Kết luận số 130-TB/TW ngày 10/01/2008 của Bộ Chính trị về tình hình, kết quả giải quyết khiếu nại, tố cáo từ năm 2006 – 2007 và giải pháp thực hiện từ năm 2008, Thanh tra các cấp trong thành phố đã tập trung đổi mới, nâng cao chất lượng, hiệu quả công tác tiếp dân và giải quyết khiếu nại, tố cáo. Triển khai thực hiện Đề án đổi mới công tác tiếp dân theo Quyết định 858/QĐ-TTg ngày 14/6/2010 của Thủ tướng Chính phủ, phối hợp với các ngành chức năng tham mưu cơ quan thẩm quyền giải quyết kịp thời, đúng pháp luật các vụ việc khiếu nại, tố cáo của công dân, đặc biệt là các vụ việc khiếu kiện đông người, tồn đọng, phức tạp, kéo dài theo Chỉ thị số 14/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ, Kế hoạch 319/KH-TTCP và Kế hoạch 1130/KH-TTCP của Thanh tra Chính phủ. Từ năm 2004 - 2013, toàn thành phố đã tiếp 21.959 lượt công dân đến khiếu nại, tố cáo; nhận và xử lý 11.994 đơn thư các loại; giải quyết 7.695 vụ việc thuộc thẩm quyền. Hàng năm, số vụ việc khiếu nại, tố cáo thuộc thẩm quyền được giải quyết đạt từ 80% đến 93%; nhiều vụ việc tồn đọng, kéo dài được giải quyết dứt điểm. Đặc biệt Thanh tra các cấp trong thành phố đã tham mưu cấp uỷ, UBND các cấp đề ra nhiều chủ trương, giải pháp và giải quyết dứt điểm, có hiệu quả nhiều khiếu nại, tố cáo đông người, phức tạp, tồn đọng, kéo dài liên quan trên cơ sở phát huy vai trò của cả hệ thống chính trị, góp phần ổn định tình hình an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội ở địa phương, tạo điều kiện thuận lợi cho quá trình phát triển kinh tế - xã hội của thành phố.

Thực hiện Nghị quyết Trung ương 3 (khóa X) về  “tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với công tác phòng, chống tham nhũng, lãng phí” và Luật Phòng, chống tham nhũng năm 2006, Thanh tra các cấp trong thành phố đã phối hợp với cơ quan chức năng tham mưu cấp ủy, Ủy ban nhân dân các cấp tập trung triển khai thực hiện đồng bộ các giải pháp phòng, chống tham nhũng như: công khai minh bạch trong hoạt động các cơ quan, đơn vị; xây dựng và thực hiện các chế độ định mức, tiêu chuẩn; xây dựng quy tắc ứng xử, đạo đức nghề nghiệp, gắn với việc thực hiện “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh’’; chuyển đổi vị trí công tác của cán bộ, công chức; minh bạch tài sản, thu nhập; chế độ trách nhiệm của người đứng đầu cơ quan, tổ chức, đơn vị để xảy ra tham nhũng; cải cách hành chính, đổi mới công nghệ quản lý. Qua triển khai thực hiện các giải pháp phòng, chống tham nhũng đã có tác động mạnh mẽ đến các cơ quan, tổ chức, đơn vị trong việc phòng ngừa tham nhũng. Thông qua hoạt động thanh tra, đã phát hiện 05 vụ tham nhũng, kiến nghị xử lý 13 cán bộ, chuyển cơ quan điều tra 03 vụ, 06 người.

Tổ chức bộ máy cơ quan Thanh tra các cấp trong thành phố có bước phát triển mới, Thanh tra thành phố được sắp xếp lại theo Thông tư số 475/2009/TTLT-TTCP-BNV, cơ cấu thành 6 phòng nghiệp vụ (Phòng Thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo 1; Phòng Thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo 2; Phòng Thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo 3; Phòng Pháp chế, Tổng hợp và xử lý sau thanh tra , Phòng Phòng, Chống tham nhũng và Văn phòng); Thanh tra Sở được xây dựng kiện toàn theo Nghị định 13/2008/NĐ-CP của Chính phủ quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Đến cuối năm 2013, toàn thành phố có 330 cán bộ, công chức Thanh tra (Thanh tra thành phố 34 cán bộ, công chức; Thanh tra  sở, ngành, quận, huyện 196 cán bộ, công chức), trong đó có 01 Thanh tra viên cao cấp; 18 Thanh tra viên chính; 134 Thanh tra viên và 77 công chức, viên chức.

Với những thành tích nêu trên, Thanh tra thành phố đã vinh dự được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng nhất năm 2006 và Huân chương Độc lập hạng ba năm 2012.

Các đồng chí giữ chức vụ Chánh Thanh tra trong giai đoạn này gồm: đồng chí Nguyễn Thị Cẩm Hường, đồng chí Nguyễn Văn Bê, đồng chí Mai Thanh Dân; Phó Chánh Thanh tra gồm: đồng chí Hồ Văn Gia, đồng chí Nguyễn Phú Hải, đồng chí Trần Thu Phượng, đồng chí Lê Hoàng Thông, đồng chí Nguyễn Viết Xuân, đồng chí Trần Phước Hoàng; các đồng chí Trưởng Phó phòng gồm: đồng chí Trương Thanh Tùng, đồng chí Lê Đắc Cảnh, đồng chí Võ Đức Nhuận, đồng chí Trần Anh Đức, đồng chí Ngô Minh Luân; đ/c Tài Hoàng Nam, đ/c Phạm Hùng Định; đ/c Ngô Trung Thảo; đ/c Từ Hoàng Thanh; đ/c Hồ Thanh Bình; đ/c Bùi Xuân Thành, đ/c Huỳnh Thị Thùy Trang, đ/c Võ Thị Thanh Thúy, đ/c Đỗ Thúy Huỳnh, đ/c Nguyễn Thị Hồng Tho, đ/c Lê Thị Mến./.